Ресейге тек Қоқан хандығына қарайтын оңтүстікте Ташкенттен Шу өзеніне дейінгі, солтүстігінде Сырдың орта ағысынан Ақмешітке дейішгі ¥лы жүздің оңтүстік бөліп ғана кірмеді. XIX ғасырдың бірінші жартысында Қоқан және Хиуа хандықтары да Сыр бойына қамалдар мен бекіністерін сала бас-таған болатын. Сырдария мен Қуаңдария өзендерінің аралығы Хиуа хандығының, ал қазақ жерінің оңтүстігі Қоқан хандығының бақылауында болды. Қоқан және Хиуа бекіністерінің стратегиялық тұрғыда ерекше орналасуы тек отырықшы қазақтарды ғана өмес, сонымен қатар, Сырдариядан өтетін кез-де көшпелі халықты да, транзиттік сауда жолдарын да бақылауында ұстауға мүмкіндік берді. Кейбір қазақ рулары екі жақты қысымда болды: бірі Ресей жағынан, екіншісі Хиуа мен Қоқан хандықтары тарапынан. Кейбір қазақ ру-ларының жайлауы Орынбор облысы өңірінде болғандықтан Ресейге салық төлесе, ал қыстауы Сыр бойында болғандықтан қоқандықтарға да салық төлеуге мәжбүр болды. Сондықтан да қазақтар бірнеше мәрте Хиуа мен Қоқан хандықтарына қарсы көтеріліс те жасаған еді. Мысалы, қазақтар 1843 жылы Сырдың төменгі ағысындағы Қуаңдария бекінісін қиратса, 1845 жылы көктемде 2000-ға жуық хиуалық әскери жасағын талқандаған. Осы жылы Хиуа бекінісі Бесқаланы да талқандайды. Қоқан хандығының қол астындағы аймақтарда да бірнеше рет толқулар мен кетерілютер болды. Солардың ең ірісі 1812 жылы 12 мың көтерілісшілері бар Тентек төренің басшылығымен болған Оңтүстік Қазақстан жеріндеп көтерілісті айтуға бола-ды. 1845 жылы сыр қазақтары да қоқандықтардың Жүлек, Жаңақорған, Тұрсынбай бекіністерін басып алады.

Ресейдің қазақ жерінің оңтүстгіндегі негізгі тірегі әскери бекіністері болды. 1825 жылы ¥лы жүзге Ямышев бекінісінің коменданты, подполковник В. Шу-биннің басшылығымен 120 қарулы казак отряды жіберілді. Бұл отряд Жеті-суда Алатау, Қапал, Сергиополь, Лепсі бекіністерін тұрғызып, Аягөз және Көкпекті округтық приказдарын ұйымдастырады. 1848 жылы 10 қаңтарда ¥лы жүзге де ресейлік пристав тағайындалады. Осы жылдары Сыр бойында бірне­ше бекіністер салынады: 1847 жылы Сырдария сағасынан 70-80 км жерде Райым бекінісі, сондай-ақ №1 Қазалы форты, №2 Қармақшы форты салына-ды, 1851 жылы Таушүбек бекінісінен, 1853 жылы Ақмешіт бекінісінен қоқан-дықтар ығыстырылады.

Бұл жерде Орынбор губернаторы, кавалерия генералы, граф В. Перов-скийдің қазақтардың қолдауымен бұл аудандардан қоқандықтарды ығысты-рудағы өте сәтті операцияларын ерекше айта кеткен жөн. Міне, осыдан кейін Батыс Сібір генерал-губернаторы Г. Гасфорттың Сырдария және Сібір әске-ри желілерін қосу женіндеп ұсынысы қолдау талқан болатын. Осы мақсатта Көксу және Іле өзендері аралығында бірнеше бекініс тұрғызу мәселесі шешілді. 1854 жылы көктемде ¥лы жұз приставы майор М. Перемышель-скийдің басшылығымен Верный бекінісі қаланды. 1855жылы Қапалдан прис-тав резиденциясы Верныйға көшіріліп, Жетісудың орталығына айналды.

1858 жылы наурызда Әулие-ата аймағында қазақтардың Қоқан устемдіг-іне қарсы ең ірі көтеріліс басталады. Көтеріліс өте кең ауқымды, яғни Шым-кенттен Пішпекке дейінгі  аралықты қамтыды Кетерілісшілер Пішпек және Шымкент маңында қоқандықтарға күшті қарсылық керсетіп, Әулие-атаны қоршап алады. Бірақ олар шешуші жеңістерге қол жеткізе алмады. Қоқан әскерінің қысымынан Ресей қарамағындағы аудандарға көшуге мәжбүр бол-ды. Көтеріліс жаңа аудандарды да қамти бастады. 1858 жылы мамыр айын-да көтерілісшілер Созақ, Мерке, Шолаққорған бекіністерін басып алып, Жа-ңақорған мен Түркістанды қоршауға алады. Қоқан әміршісі Худояр хан өз жағына қазақтардың беделді ру басыларын тарта отырып, көтерілісшілердің қарсылығын әлсіретуге қол жеткізді. Осылайша негізгі көтеріліс ошақтары басылған еді. Дегенмен бұл көтерілістер ¥лы жүздеп қоқандықтардың билігін әлсіретіп, Ресейдің қазақ жерінің оңтүстігіндегі әскери қимылдарын белсен-дірек жүргізуге жол ашып берді.

Қоқан әскерлерінің Әулие-ата, Мерке, Пішпек, Тоқмақ аймағына шоғырлануына байланысты 1860 жылы орыс әскерлері подполковник Циммерман-ның басшылығымен Қастек қамалынан Шу алқабы арқылы Әулие-ата, Шым-кент, Ташкент бағытына қарай жорығын бастады. Сөйтіп, 26 тамызда Тоқ-мақты, ал 4 қыркүйекте бес күндік қоршаудан кейін Қоқан хандығының өлке-дегі ең негізгі тірегінің бірі - Пішпек алынады. Бұл аймақтағы ықпалынан ай-ырыла бастаған Қоқан хандығы 22 мындық әскерін Верныйға қарай аттан-дырады. Қазан айында ¥зынағаш маңында Қоқан әскері Алатау округінің басшысы Г. Колпаковскийдің қарамағындағы орыс әскерімен кездеседі. 19-21 қазандағы үш күндік ¥зынағаш шайқасының нәтижесінде Қоқан әскері ойсырай жеңіледі. Қазақтар Қоқан әскерінің қарамағында да, орыстар жа-ғында да шайқасқа араласты.

Ресей әскерінің нәтижелі жорығы 1864 жылы болды. Верныйдан шыққан подполковник М. Черняевтің әскері 4 маусымда Әулие-атаны басып алады. Ал Ақмешіттен шыққан полковник Н. Веревкиннің әскері 12 маусымда Түркістанды, 22 қыркүйекте Шымкентті бағындырады. 1865 жылы 17 мау-сымда үш күндік шайқастан кейін орыс әскерлері Ташкентті басып алды.

Осылайша Сырдария және Сібір әскери желілері қосылғаннан кейін 1865 жылы 12 ақпанда Әскери министрдің бұйрығымен Түркістан облысы құры-лып, ол Орынбор губернаторлығына бағынды. Облыстың әскери губернато-ры болып генерал М. Черняев тағайындалады. 1866 жылы көктемде орыс әскерлері Бұхар әмірлігінің территориясын бағындырды. Ал, 1867 жылы оның көптеген аумақтары Түркістан генерал-губернаторлығының құрамына енгі-зіледі. Бұл жерде генерал-губернатор болып генерал-адъютант фон К.Кауфман тағайындалған еді.

Ресей империясы бұрын ортаазиялық хандықтардың тәуелділігінде бо-лып келген ¥лы жүз аумағын әскери күш қолдану арқылы толық бағындырып алды. Қазақ жерінің барлық аумағы Ресей империясының құрамына енді.