На поселении Ботай за весь основной период его существования, длившийся несколько столетий, древними людьми было построено не менее 250 жилищ. Площадь полуземляночных жилищ составляла 20-70 квадратных метров. Они располагались группами, часто примыкали друг к другу и, вдобавок, некоторые соединялись между собой переходами. Все постройки разделяются на жилые и хозяйственные. Как правило, в каждом жилище был один очаг, расположенный на полу, в центре. Не исключено, что в таких жилищах жили родственные общины, представлявшие, скорее, одну хозяйственную ячейку. Она могла насчитывать от 40 до 50 человек. Коллективные разнополые захоронения подтверждают вероятную возможность существования семейно-хозяйственных общин, состоящих в свою очередь из трех-четырех малых семей. Если в неолитических памятниках на территории Северного Казахстана преобладали орудия, характерные для охоты и рыболовства, то в эпоху энеолита на этой же части лесостепи, в связи с переходом к производящему хозяйству, ведущее место стали занимать инструменты, используемые в деревообработке, скорняжном деле и других видах домашних промыслов.

Многочисленную группу составляют изделия из сланцев, известняка, гранита. Широко использовалась разнообразная керамическая посуда. Примечателен набор костяных орудий: серпы и косы из костей нижних челюстей лошадей, землеройные орудия, инструменты по обработке дерева, иглы, шилья и другие ткацкие инструменты, штампы, гарпуны. Это свидетельствует о наличии земледельческих навыков и развитой системе домашних промыслов. Многие орудия и предметы имеют на своей поверхности орнаментальные рисунки, загадочные знаки и линии. Но основной примечательной особенностью находок на поселении Ботай является огромное количество костных остатков. Они находятся везде — и на поверхности земли, и в земле, и в заполнении стен жилищ, и на полу жилищ, и в хозяйственных ямах. И что самое интересное, так это то, что лишь сотая часть остатков — это кости зубра, лося, косули, сайги, тура (мелкого), медведя, лисицы, корсака, бобра, сурка, зайца, кабана. Основная же, подавляющая масса костей принадлежит останкам лошади, что является одним из главных признаков одомашнивания. В становлении Ботайской культуры сыграли большую роль племена, населявшие территории между реками Жайык и Иртыш. 

Многолетние раскопки этого уникального поселения позволили, основному исследователю Виктору Зайберту, обоснованно выделить особую Ботайскую энеолитическую культуру. Многопрофильными научными исследованиями феномена культуры занимались ученые из Алма-Аты, Санкт-Петербурга, Екатеринбурга, Москвы, Челябинска, США, Петропавловска. В рамках изучения проблем Ботайской культуры было проведено несколько международных симпозиумов с участием ведущих ученых Великобритании, Германии, Ирана, Канады, США, Чехии, Финляндии, Японии, России, Казахстана и Украины, которые в известной степени поставили вопрос о времени и степени одомашнивания лошади в степной зоне Евразии. На его материалах подготовлен проект «Культурогенез казахов» в виде музейно-туристического комплекса на озере Шалкар. Изготовлен эскиз комплекса, построены в натуральную величину макеты двух ботайских жилищ. Такие же поставлены рядом с раскопками. Современные градостроители только диву даются, как древние люди 5 тысяч лет тому назад умудрялись возводить великолепные строения шатрово-купольной архитектуры.

В 2004 году в построенных макетах ботайских жилищ была организована выставка археологических находок. В Петропавловске на базе этих экспонатов планируется создать археологический музей. Подготовлен проект историко-культурного заповедника «Ботай» и туристического маршрута, включающего памятники природы, истории, археологии Северного Казахстана. Последние годы на объектах ботайской культуры проводятся охранные мероприятия и археологические исследования по государственной программе «Изучение и сохранение историко-культурного наследия».