А  в Казахстане она приняла форму  подавления  национального духа и национальной самобытности. Все формы проявления этих настроений объявлялись « бужуазным национализмом». Показательным  стало  «Дело Бекмаханова». В1950 г. в газете «Правда» в статье «За марксистско-ленинское освещение вопросов истории Казахста­на» книга Е. Бекмаханова была осуждена , как  вредная  и националистическая. Статья «Правды» явилась началом непосредственной политичес­кой расправы над  Е.Бекмахановым. 10 апреля 1951 г. ЦК партии Казах­стана принял постановление о статье в газете «Правда», в котором признал статью правильной и осудил «буржуазно-националистичес­кие взгляды Бекмаханова». В июне 1951 г. ЦК КП Казахстана вновь вернулся к статье в газете «Правда» и принял ряд дополнительных мероприятий по реализации постановления от 10 апреля 1951 г. После ряда проработок, доктор исторических наук Е. Бекмаханов был уволен из Академии наук и в 1951—1952 гг. работал в одной из средних школ Чуйского района Джамбулской области, а 4 декабря 1952 г. был осужден судебной коллегией Верховного суда Казахской ССР на 25 лет. Только после смерти И. В. Сталина и заступничестве академика А.М.Панкратовой,  дело по обвинению Е. Бекмаханова было пересмотрено и прекращено за отсутствием состава преступления. Весной 1954 г. он вернулся в Казахстан.  «Дело Бекмаханова» было не единственным в 40-х—начале 50-х гг. Жертвами подобных несправедливых политических обвинений ста­ли видные ученые-обществоведы республики А. Жубанов, X. Жума-лиев, Б. Сулейменов, Е. Исмаилов, талантливый писатель Ю. Л. Домбровский. Необоснованно были обвинены в допущении полити­ческих и буржуазно-националистических ошибок А. Абишев, К. Аманжолов, К. Бекхожин, С. Бегалин и другие известные ученые и писатели. Президент АН Казахской ССР К. Сатпаев и выдающийся писатель, ученый М. Ауэзов,  также подверглись гонениям и  вынуждены были выехать из Казахстана в Москву. Ряд ученых-биологов, медиков и геологов, обвиненных в космополитизме, также были изгнаны из научных учреждений и кафедр вузов республики.

 Он считал: целину надо осваивать постепенно, создавая для этого необходимые условия и возможности, «иначе мы можем потерять свои земли». «Земли в Казахстане хватает. Ежегодно мы планово, с учётом возможностей и потребностей осваиваем значительные площади для возделывания зерна. Эта работа обязательно будет продолжаться. Но мы решительно против того, чтобы за 2-3 года перевернуть 20—25 миллионов гектаров! Нельзя не брать во внимание, что в Казахстане растёт число скота, которому нужны хорошие пастбища, сенокосные угодья для заготовки нескольких миллионов тонн сена».

 Уже в 1965 году объем добычи в бассейне составил 14,3 млн. тонн угля. К 1970 году на Карагандинском и Экибастузском бассейнах добыча угля достигла 61 млн. тонн в год, из них 41% добывалось наиболее прогрессивным, открытым, способом.