Әбілқайыр хан көреген билеуші болды, бірақ мықты арқа сүйері болмаса, ол Шығыс Дешті Қыпшақты меңдеген айтыс-тартыс кезінде билік түгілі өз басын аман алып қалуы екіталай еді. Алайда оны 200-ге жуық көшпелі ақсүйектер өкілдері қолдады. Бұдан басқа, Әбілқайырдың ілгерілеуіне маңғыт әмірлері де септесті. Ал, маңғыттар сан жағынан көп болғандықтан, Өзбек хандығында әжептәуір саяси салмақтары болды. Әбілқайыр ханның маңғыттарға алғыс айтуына бұрын да мүмкіндігі болған. Әбілқайыр билігіне дейін Шибани ұрпақтарын Жұмадық хан басқарды. Осы атадан тараған басқа да өкілдер сияқты Әбілқайыр да оған бағынды. Қырдағы жоғары билікті өз қолына алу үшін Жұмадық хан үздіксіз күрес жүргізді. Сол кезде 16 жасар Әбілхайыр маңғыттарға тұтқынға түседі, бірақ маңғыт билерінің шешімімен оны босатып жібереді.  Әбілқайыр олардың қызығушылығын тудыра алса керек, өйткені маңғыт әмірі Едігенің немересі Уақас би Әбілқайырдың хан тағына отыруына белсенді әрекет ете бастайды.

Бірақ, Әбілқайыр хан тағына отырғаннан кейін де оның хандығындағы руаралық айтыс-тартыстар тоқтамады. Өзінің хандық мәртебесін сақтап қалу үшін көшпелі ақсүйектер арасындағы беделін жоғалтпауы керектігін Әбілқайыр хан түсінді. Оның үстіне, тек мемлекетті нығайтып, оның аумағын кеңейту ғана оған өз халқының қолдауын кепіл ете алатын. Сырдария, Қаратау, солтүстік Арал, Ембінің өзенаралығындағы жерлері қысмтық көшулер үшін өте қолайлы болғандықтан, қызығушылық тудыратын. Әбілқайыр хан осы аймақтарға жорық ұйымдастырмақшы болды.  Бұл жорықтың көп күш пен дайындықты талап ететінін ол түсінді.

Шешуші шайқас 1431 жылы Екіретүпте өтеді. Бұл шайқаста Әбілқайыр жауларын ойсырата жеңіп, жеңіске ие болады.   Тоқа-Темір ұрпақтары толықтай жеңіледі. Басқа ірі шайқас 1446 жылы Әбілқайыр мен Мұстафа хан арасында болады. Мұстафа беклярбек Уақаспен бірігеді. Айта кету керек, бұл екеуі де Әбілқайыр таққа отырған кезде оның салтанатына қатысқан. Әбілқайырдың тым қаталдығы мен мемлекет билеудегі шексіз озбырлығы екеуінің Әбілқайырды сатып кетулерінің себебі болуы мүмкін. Бірақ, күштерін біріктірсе де олар Әбілқайырдан жеңіледі.  Атбасардың сол жағасындағы шайқаста Мұстафаның жақтастарының көбі қаза тапса да, ол Уақас би екеуі тірі қалады. Көп уақыт өтпестен Уақас би қайтадан Әбілқайырдың жағына шығып, тіпті онымен бірге әскери жорықтарға да шығады. Ал, Мұстафа Маңғышлаққа қашуға мәжбүр болады.   

Жеңіске қарамастан Әбілқайырдың әскері де шайқастан қалжыраған еді. Әбілқайыр хан жақында ғана Өзбек хандығының астанасы болған Орда Базарды қалдырып кетеді. Шамамен 1440-1450 жылдары Уақас би қайтыс болады. Көптеген зерттеушілер беклярбек өз өлімімен емес, зорлық өліммен өлді деп пайымдайды. Бірақ, Әбілқайыр ханның бұған қатысы бар ма, жоқ па ол жағы – белгісіз. Уақас бидің өлімінен кейін мемлекеттегі маңғыттар мен қарақалпақтар жаппай көше бастайды. Осы кезде Жәнібек пен Керей бастаған хан оппозициясы қалыптаса бастайды. Әбілқайырдың саясатымен келіспеген көшпенділердің бір бөлігі Керей мен Жәнібекті қолдай бастайды – осы бөлік кейіннен Қазақ хандығының негізін қалаушылар бірге көшіп кетеді.

Дәл осындай дағдарыс шақта қалмақтармен қақтығыс та шиеленісіп келе жатқан еді. Бұл жолы мемлекет ішіндегі мәселелерден қалжыраған Әбілқайыр мықты әскер ұйымдастыра алмай, жеңіліс тапты.  Бұл оқиға шамамен 1456-1457 жылдары Сығанақ маңайында орын алды. Әбілқайыр хан қойылған шартқа келісіп, Дешті Қыпшаққа кетуге мәжбүр болды. 1460 жылдары ол Сырдария маңына ене түсіп, өз қалаларын қайтаруға мүмкіндік алады. Өзінің жауынгерлік рухын жоғалтпаған Әбілқайыр хан 1468 жылы бұдан іргесін аулақ салып кеткен Керей мен Жәнібекті жазалау үшін жорыққа шығады. Алайда жол бойында ауырып, қайтыс болады. Әбілқайыр өлімімен кейін өзі 40 жыл бойы билік жүргізіп келген хандық құлайды.